بررسی روابط ژنتیکی ارقام و پایه‌های سیب با استفاده از نشانگر مولکولی SSR

ثبت و شناسایی ارقام و پایه های گیاهی و تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها مستلزم دسترسی به روشهای دقیق و قابل تکراری که از شرایط محیطی متأثر نباشد، می باشد روشهای سنتی تعیین هویت بر اساس مشاهده ظاهری درخت و میوه است با توجه به اینکه بسیاری از خصوصیات ظاهری تحت تأثیر عوامل محیطی قرار می گیرند، این روش قابل اعتماد نیست

ثبت و شناسایی ارقام و پایه های گیاهی و تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها مستلزم دسترسی به روشهای دقیق و قابل تکراری که از شرایط محیطی متأثر نباشد، می باشد. روشهای سنتی تعیین هویت بر اساس مشاهده ظاهری درخت و میوه است. با توجه به اینکه بسیاری از خصوصیات ظاهری تحت تأثیر عوامل محیطی قرار می گیرند، این روش قابل اعتماد نیست.

با استفاده از نشانگرها در سطح ملکول DNA می توان اطلاعات دقیقی از ژنوم گیاهان بدست آورد.از جمله نشانگرهای معتبر در بررسی ژنوم سیب، نشانگر SSR است که بدلیل تکرارپذیری بالا، ایجاد الگوی باندی نسبتاً ساده و توارث همبارز در بررسی تنوع ژنتیکی و شناسه دار کردن ارقام و پایه های سیب کارایی بالایی دارد.
در بررسی حاضر از 5 جفت نشانگر پلی مورفیک SSR بر روی 24 رقم و پایه سیب بمنظور تهیه شناسنامه ژنتیکی برای بعضی از ارقام و پایه ها و همچنین تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها استفاده شد. نمونه های برگی از کلکسیون سیب جمع آوری و DNA آنها استخراج شدند و سپس با استفاده از نشانگرهای اختصاصی SSR مورد تکثیر قرار گرفتند. پس از الکتروفورز عمودی در دستگاه توالی یاب DNA در ژل پلی آکریل آمید و رنگ آمیزی نیترات نقره در مجموع 52 آلل پلی مورفیک در 5 لوکوس ریزماهوار ( میانگین 4/10 در هر لوکوس) شناسایی شدند. تجزیه کلاستر بطور جداگانه برای ارقام و پایه ها بر اساس حضور و عدم حضور باند با استفاده از برنامه NTSYS و ضریب تشابه Dice مبتنی بر UPGMA انجام گرفت. دندوگرام حاصل از ارقام نشان داد که ارقام مورد بررسی تنوع زیادی داشتند و در 6 کلاستر جای گرفتند و سیبهای گلاب مورد بررسی توسط این 5 جفت نشانگر از هم تفکیک شدند. در دندوگرام پایه ها شباهت دو پایه MM111و MM106 مشاهده گردید.

با استفاده از 3 آغازگر (CH01H01 02B1 CH02B10) باندهای اختصاصی در ارقام (24 رقم) مشاهده شد. همچنین اگوی نواربندی اختصاصی برای بعضی از ارقام در هر آغازگر بدست آمد. در نهایت این 5 آغازگر توانستند آللهای اختصاصی مربوط به پایه ها را تعیین کنند.

فهرست مطالب

چکیده:
مقدمه
فصل اول
بررسی منابع و کلیات
1-1- تاریخچه و گسترش سیب در جهان
2-1- درخت سیب و خواص بتانیكی آن

3-1- فرآورده‌های سیب
4-1- خواص دارویی سیب
5-1- ارزش غذایی سیب
6-1- پایه‌های سیب
1-6-1-پایه‌های بذری

2-6-1- پایه‌های رویشی(غیر بذری)
1-2-6-1-پایه‌های مالینگ
2-2-6-1- پایه های مالینگ مرتون
3-2-6-1-پایه های بوداگوسکی
7-1- زیست شناسی مولكولی
1-7-1- نشانگر
2-7-1- هدف از كاربرد نشانگر
3-7-1- انواع نشانگرهای ژنتیكی
1-3-7-1- نشانگرهای ریخت‌شناسی (مورفولوژیكی)
2-3-7-1- نشانگرهای سیتوژنتیكی
3-3-7-1- نشانگرهای ملکولی در سطح پروتئین
4-3-7-1- نشانگرهای مولكولی در سطح DNA
5-3-7-1- انواع نشانگرهای DNA
الف) نشانگرهای DNA غیر مبتنی بر PCR
– تفاوت طول قطعات حاصل از هضم (RFLP)
– تعداد متفاوت ردیف‌های تكراری و ماهوارك‌ها (VNTR & Minisatellites)
– پویش ژنومی نشانه‌های هضم (RLGS)
ب) نشانگرهای DNA مبتنی بر PCR
4-7-1- ردیف‌های تكراری
1-4-7-1- ماهواره‌ها
2-4-7-1- ماهوارك‌ها
3-4-7-1- ریز ماهواره‌ها (میكروستلایت‌ها یا SSR)
5-7-1- چگونگی ایجاد میكروستلایت‌ها
6-7-1- خصوصیات نشانگرهای SSR
7-7-1- كاربردهای نشانگرهای SSR
8-7-1- مزایای ریز ماهواره ها
9-7-1- معایب ریز ماهواره‌ها
10-7-1- اساس چند شكلی در جایگاههای ریزماهواره
1-10-7-1- مدل کراسینگ اور نا متقارن (UCO)
2-10-7-1- مدل سر خوردن پلیمراز هنگام همانند سازی(SSM)
8-1- واكنش زنجیره ای پلیمراز
1-8-1- اجزای واکنش PCR
1-1-8-1- آنزیم
2-1-8-1-مخلوط ذروكسی نوكلئوتید تری فسفات ( dNTPs )
3-1-8-1- DNA الگو
4-1-8-1- آغازگرها
5-1-8-1- بافرها و كلرید منیزیوم
2-8-1- عوامل مؤثر براختصاصی بودن واكنش PCR
1-2-8-1- غلظت مخلوط PCR
2-2-8-1- دما
3-2-8-1- تعداد و طول سیكل
4-2-8-1- افزاینده های PCR
3-8-1- (TD-PCR) Touch Down PCR
4-8-1- PCR آشیانه ای
9-1- الكتروفورز ژل آگارز
10-1- الكترفورز ژل پلی آكریل آمید
11-1- مروری بر تحقیقات انجام شده توسط نشانگر SSR
منابع و مآخذ